Можно ли в репозитории ЕА хранить не ссылки на файлы, а сами файлы Word, Excel и т.д.?

Файл RTF-формата можно присоединить к конкретному элементу модели, выбрав команду контекстного меню элемента Add LinkedDocument. Для одного элемента может быть только один LinkedDocument.

Файлы других форматов, например Excelевые, ЕА хранить не умеет.