1. Исходная оценка трудоемкости на аналитическую фазу делались из предположения, что мы описываем бизнес процессы, а в итоге потребовалась детализация до функциональных требований, что вызывает необходимость дополнительных интервью и доработки документов;
А что в договоре написано, надо сделать описания БП или функциональные требования? Если просят сделать больше, чем в договоре - оценивайте затраты и подписывайте допсоглашение за отдельные деньги. Если уже сделали бесплатно - значит вы это сделали бесплатно, какой смысл теперь оценивать затраты?
2. В процессе согласования документов изменился список согласующих. Т.к. интервью с новыми людьми изначально не проводились (а у них свой взгляд на процессы и их полноту), то согласовать документы в текущем объеме нет возможности и требуются дополнительные интервью и обработка результатов;
Аналогично. Если вы уже сделали что-то бесплатно, то какой смысл обсуждать цену? Зато на будущее вы теперь легко можете вычислить разницу в оценке фактической и планировавшейся трудоемкости. Такие проблемы на всех проектах вылезают.
3. Задержка рецензий согласующими (почти месяц с даты отправки);
4. Задержка при запросах на предоставления информации (регламенты бизнес-процессов и другая документация заказчика)
Надо как в шахматах: передали документ заказчику - на его часах время пошло. Заказчик вернул документы: на ваших время пошло. Протоколы передачи надо подписывать. Если не было протоколов, то сейчас вряд ли чего добьетесь.
5. Набор описываемых бизнес процессов расширился (в начале проекта заказчиком был предоставлен список БП, котороые следует описать. в ходе проекта он был существенно переработан и расширен);
Ну так и хорошо: вслед за этим переработайте и расширьте калькуляцию за свои услуги.
Сейчас стоит вопрос касательно того, как оценить (в часах работы нашего эксперта, т.е. нужна конкретная количественная оценка) прирост трудозатрат по каждому из пунктов.
ИМХО, так же, как вы оценивали изначальные трудозатраты. Был один перечень работ - вы оценили затраты. Сейчас другой перечень - просто оценивайте теперь исходя из него.